El desarrollo de estrategias se realiza junto con los campesinos, dando seguimiento y prioridad a sus criterios para evaluarlas: investigación aplicada y adaptativa. También se llevan a cabo experimentos bajo condiciones controladas basados en las opciones aceptadas, adaptadas y adoptadas por los campesinos: investigación estratégica; de esta manera se establece un proceso iterativo entre el conocimiento campesino y el científico.
En la actualidad Protrópico está organizado en tres programas de investigación: solares, milpa y vegetación integrados por diferentes proyectos, los cuales no todos se realizan en Sahcabá, aunque se interrelacionan de alguna manera con los trabajos de la comunidad. Los programas de investigación se basan en el uso integral, conservación e intensificación de los recursos de las comunidades típicas de la zona henequenera,aunque también extrapolables a la mayoría de las comunidades de la península de Yucatán, y corresponden: al solar, la milpa y la vegetación, que son los tres principales subsistemas en los que se basa el sistema de producción de los campesinos mayas.
