Desde su inicio, PROAFT se ha constituido con una estructura centralizada que ha respondido de manera puntual a las necesidades de las AT .

Actualmente, se propone crear una gran alianza estratégica que permitirá en forma regional o temática, continuar con las actividades del programa.

    Creemos que la descentralización fortalecerá las capacidades locales en la gestión ambiental. La estructura organizativa propuesta involucrará una dirección colegiada con presencia en cuatro diferentes regiones y una sola administración. Este esquema ofrece varias bondades: una de ellas es un mejor aprovechamiento de los recursos humanos y financieros en la regiones, otra es que el convenio PROAFT con instituciones proveerá  de oportunidades académicas de investigación aplicada, en proyectos directamente identificados por las comunidades, además del acceso a intercambio de experiencias, estilos y enfoques en la investigación, que constituye por sí mismo una gran riqueza.   

Por último, es un mecanismo ideal para establecer colaboraciones interinstitucionales.

   Las necesidades de las AT son muy diversas y no pueden cubrirse adecuadamente con una sóla organización, se requiere buscar formas de asegurar la elaboración y seguimiento de proyectos con un mayor números de profesionistas capacitados y comprometidos, lo cual significa la búsqueda de enlaces entre los académicos, las Ong's y los usuarios para asegurar el éxito y continuidad de los proyectos de las AT. Considerando el desarrollo, avance y necesidades de las AT, nuestro reto es promover estos vínculos, favoreciendo la convergencia coordinada y multisectorial en las comunidades rurales. Es urgente establecer enlaces para promover desinteresadamente la vinculación de organizaciones cuyo objeto principal sea facilitar los diversos procesos entre los diferentes actores. Esta será la principal actividad que realizará PROAFT.

   Las AT se han convertido en el centro de una red de interacciones entre diversas organizaciones y actores; el reconocimiento de las interacciones y su potencialidad contribuirá a promover un trabajo coordinado basándose en las prioridades comunitarias. Las redes pueden ampliarse a dos direcciones: a) en las regiones, interactuando con otras redes ya establecidas b) entre regiones, donde las sedes de PROAFT podrán informar de las experiencias y vincular a instituciones y organizaciones de diferentes regiones del país.

   En un principio, las redes entre regiones se establecerán, a través del intercambio de información publicada (tesis, publicaciones, memorias de reuniones, etc.) y después se propiciará el intercambio horizontal de experiencias y de personal.