En 1993 PROAFT definió un modelo de intervención, asociación y mediación que promueve la corresponsabilidad, el diálogo entre los grupos con diferentes culturas y que agiliza el desarrollo de acciones. Este instrumento se denominó Alianza Tripartita para  la Conservación y el Desarrollo del Patrimonio Forestal (AT). Esta se constituye por la integración de tres partes fundamentales: un grupo campesino organizado, que tenga el deseo y la aspiración a buscar sistemas alternativos de manejo autogestivo y sustentable de sus recursos, un  grupo asesor local que puede ser una asociación civil, una universidad o instituto de investigación, etc.,  y  PROAFT que actúa como organización aglutinadora que promueve, acompaña, asesora y capacita tanto a las comunidades como a los grupos asesores locales.

      A través de las AT hemos logrado poner en las manos de los habitantes de las áreas tropicales el futuro del manejo de sus recursos forestal. De 1992 a la fecha hemos establecido 30  AT, 25 de las cuales son actualmente activas y están localizadas en 8 estados de la república, fundamentalmente en el sureste. Las AT se caracterizan por una elevada flexibilidad que se ve reflejada  en diferentes actividades, desde el manejo de sistemas agroforestales y silvopastoriles  a la estabilización de la milpa, hasta proyectos de ecoturismo.