En 1959, y como resultado de una grave desavenencia con el entonces Gobernador del  Estado de Yucatán, Ruz L. y su familia se ven obligados a dejar  la entidad y  a desplazarse a la Ciudad de  México, donde inicia su época como director del Seminario de Estudios Mayas  en la UNAM. Posteriormente, el Seminario adquiere la categoría de Centro de Estudios. Desde entonces  esta institución académica de investigación,  desarrolla ambiciosos proyectos interdisciplinarios que comprenden el más extenso y profundo estudio científico sobre la gran civilización Maya, así lo demuestran los trabajos de investigación, publicación,docencia y la preparación de varias generaciónes de antropólogos, etnólogos y lingüistas. En 1966, después de recibir su doctorado, Ruz  y su esposa Blanca deciden separarse. Más tarde, el arqueólogo contrae nupcias nuevamente,  esta vez con la señora Celia Gutiérrez  y tienen un hijo de nombre Claudio. }